高校1年生の海賊王（ルフィ）と菜美（なみ）は二人ともワンピースのキャラクターの名前ということもあり、距離を縮めていた。しかし、そこにワンピースネームを持つもう１人の同級生、嘘風（ウソップ）が現れたことで、穏やかな日常が崩されてしまう。嘘風は海賊王と菜美を巻き込んで「海賊部」を結成し、船員を集めていく。こうして〝ひとつなぎの大秘宝〟を目指す、ドタバタな学園生活が幕を開けるーー！